Mantan Menteri Koperasi Zarkasih Noer, mantan Menteri Sekretaris Negara Djohan Effendi, tokoh Majelis Ulama Indonesia Amidhan, dan Wakil Ketua DPR Muhaimin Iskandar merupakan sebagian alumninya. Kini, PHIN diubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN).
Serta pada saat yang sama ia juga kuliah Jurusan Sastra Arab Fakultas Sastra dan Budaya Universitas Gadjah Mada (UGM).
Namun kala itu Ia terancam tak bisa lanjut kuliah karena ayahnya sudah pensiun.
Akan tetapi Mahfud aktif menulis di surat kabar umum seperti Kedaulatan Rakyat agar mendapat honorarium dan berburu beasiswa.
Hingga akhirnya, Ia mendapat gelar mahasiswa terbaik dan berhasil mengantongi beasiswa Rektor UII, beasiswa Yayasan Dharma Siswa Madura, juga beasiswa Yayasan Supersemar.
Baca juga: Menguak 5 Fakta Kedekatan Ferdy Sambo dan Kapolri Listyo Sigit, Dimulai dari Unit Dirtipidum
Lulus dari Fakultas Hukum pada 1983 Mahfud bekerja sebagai dosen di almamaternya dengan status sebagai Pegawai Negeri Sipil (PNS).
Ketika itu ia melihat, hukum tidak dapat bekerja sebagaimana mestinya karena selalu diintervensi oleh politik.
Sehingga kekecewaannya pada hukum yang selalu dikalahkan oleh keputusan-keputusan politik menyebabkan Mahfud ingin belajar ilmu politik.
Kesempatan itu akhirnya ia ambil ketika kuliah S2.
Ia banyak berdiskusi dengan dosen-dosen ilmu politik ternama seperti Moeljarto Tjokrowinoto, Mochtar Mas’oed, Ichlasul Amal, Yahya Muhaimin, Amien Rais, dan lain-lain.
Keputusannya mengambil ilmu politik yang berbeda dengan konsentrasinya di bidang hukum tata negara bukan tanpa konsekuensi.
Sebab, studi lanjut di luar bidangnya seperti itu tidak akan dihitung dalam jenjang kepangkatannya sebagai dosen.
Karena itu, selepas lulus S-2, ia melanjutkan pendidikan doktor (S-3) bidang Ilmu Hukum Tata Negara di Program Pasca Sarjana UGM hingga lulus pada 1993.
Dalam sejarah pendidikan doktor di UGM, Mahfud tercatat sebagai mahasiswa doktoral yang lulus cepat. Ia menyelesaikan pendidikannya hanya dalam waktu 2 tahun 8 bulan.
Padahal, ketika itu (1993) rata-rata pendidikan doktor diselesaikan selama 5 tahun.