Ia dikabarkan mendapat perlakuan yang tidak menyenangkan dari suaminya.
Ia juga meminta sang suami memenuhi janjinya menggelar pesta pernikahan di Jakarta.
Tengku Fakhry kemudian menjemput Manohara, membelikan mobil sebagai hadiah ulang tahun, serta mengajak Manohara beserta keluarganya untuk umrah bersama.
Ketika selesai umrah pada 9 Maret 2009, Tengku Fakhry segera membawa istrinya kembali ke Malaysia, namun tidak membawa serta keluarga Manohara.
Ibu Manohara, Daisy Fajarina, kemudian menyatakan bahwa ia mengalami pencekalan ketika akan mengunjungi putrinya di Malaysia.
Daisy lalu meminta bantuan Pemerintah Indonesia dan Komnas HAM untuk mengatasi masalah tersebut.
Kasus ini semakin mendapatkan perhatian setelah Perdana Menteri Malaysia Najib Tun Razak mengelak pertanyaan wartawan mengenai tuduhan penculikan Manohara oleh seorang pangeran Malaysia, saat ia bertemu Presiden Indonesia Susilo Bambang Yudhoyono di Jakarta pada 23 April 2009.
Pemerintah Indonesia melalui pejabat Kedutaan Indonesia di Kuala Lumpur selanjutnya meminta penjelasan dari Pemerintah Malaysia mengenai dugaan pencekalan tersebut.
Pada hari Minggu 31 Mei 2009, Manohara tiba kembali di Indonesia bersama dengan ibunya dari Singapura.
Melalui konferensi pers, Manohara menyatakan bahwa ketika ia bersama keluarga Kerajaan Kelantan sedang berada di Singapura untuk menjenguk Sultan Kelantan yang tengah berobat di Singapura, ia berhasil lolos dari penjagaan pengawal Kesultanan Kelantan.
Dengan bantuan aparat Singapura dan staf diplomatik Kedutaan Besar Amerika Serikat, Manohara berhasil bertemu dengan ibunya yang saat itu juga sedang berada di Singapura.
Manohara bersama ibunya segera kembali ke Indonesia. Manohara menyatakan bahwa segala tuduhan penculikan dan penganiayaan yang dilayangkan ibunya kepada suaminya adalah fakta.
Manohara juga menyatakan tidak bersedia kembali ke Kelantan dan menyatakan niatnya untuk bercerai dari Tengku Fakhry.
Sebelum menikah, Manohara pernah menjalin hubungan dengan beberapa lelaki antara lain Ardiansyah Bakrie (komisaris utama tvOne), dan Ryan Haryanto (pembalap muda asal Singapura).
Kuasa hukum dan kontroversi